《孤岛危机3》将1代与2代的完美结合，展现出自由的沙盒模式+可垂直作战的大都市环境。同时游戏的都市并非只有生硬的高楼建筑，而是要创造出一个真真正正的有丛林，沼泽，草地，峡谷等各种丰富元素的都市雨林。故事上，人类与外星人的战争已经进入到了最终阶段，大反派CELL公司对于外星人技术的研究已经令地球变得面目全非，而对抗CELL的反抗军们不得不转入地下。但是，他们终于找到了最后的希望，那就是被封存起来的强大纳米战士，也就是主角先知，人类也终于迎来了胜利的曙光。